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Physikalisches Seminar (Biophysik): Potenzielle Bachelorarbeitsthemen – Übersicht

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Dozenten

Themenvergabe

Wir werden die Themen am 18. November um 14:00 im Seminarraum LS Gaub Amalienstr. 54 vergeben. Wenn Sie Interesse haben, an der Veranstaltung teilzunhemen , schicken sie eine Email an martin.benoit@physik.uni-muenchen.de.

!Achtung!

Wegen der aktuellen Coronalage ist die Teilnahme am Themenvergabetreffen auch virtuell über zoom möglich.

Der entsprechende Link wurde per Mail verschickt.

!Achtung!

Inhalt

In diesem Seminar beschäftigen wir uns mit aktuellen Fragestellungen und Methoden aus der Biophysik. Das Seminar bietet Bachelorstudenten die Möglichkeit einen Seminarvortrag über spezielle biophysikalische Methoden und spannende biophysikalische Fragestellungen zu halten. Die Themen sind dabei so gewählt, dass bei gegenseitigem Interesse die Möglichkeit besteht, im Anschluss an das Semester eine Bachelorarbeit in diesem Bereich durchzuführen.

Termine

Das Seminar (3 ECTS) wird als Blockveranstaltung angeboten. Wir werden zunächst eine Vorbesprechung veranstalten, bei der die einzelnen Themen vorgestellt und unter den Seminarteilnehmer*innen verteilt werden. Die Vorbesprechung findet vorraussichlich im November statt, der genaue Ort und Termin werden hier noch bekannt gegeben. Wegen der Corona Situation, könnte es sein, dass wir die Vorbesrpechung über Zoom halten müssen.

Die Vorträge werden dann an voraussichtlich zwei Tagen nach den Weihnachtsferien gehalten, typischerweise Ende Januar/Anfang Februar. Der Termin für die Vorträge wird während der Vorbesprechung festgelegt.

Seminarvorträge

Die Vorträge können in deutscher oder englischer Sprache präsentiert werden und sollten ca. 20 min dauern. Im Anschluss gibt es jeweils eine kurze Fragerunde in der alle Studenten zur Mitarbeit aufgerufen sind.

>>>> Tips für gute wissenschaftliche Präsentationen: [PDF] <<<<<

Anmeldungen:          (per Mail an Martin Benoit)

J.Schönberger
Th.Niemeijer
V.Della Mura
(L.Scheuchl)
A.Waschuth
Ch.Periane
A.Hornung
L.Gwinner
Ch.Storck
A.Tornow
Ch.Sachs
L.Heinze
A.Böhler
A.Israel
L.Luber
A.Jäger
V.Mohr
M.Rein
I.Kalfa

Seminarthemen    (werden am 18. November vergeben und im Januar von den Teilnehmer*innen im Seminar vorgetragen)

 AG Liedl:

"Chiral Nanoparticle Assemblies on substrates"       ()

Literatur:

 AG Benoit:

"AFM und Kraftspektroskopie am von Willebrandfaktor"   ()

Literatur:
1. Jochen P. Müller et al. PNAS (2016), doi: 10.1073/pnas.1516214113
2. Jochen P. Müller et al. Biophysical Journal (2016) doi:10.1016/j.bpj.2016.06.022

 AG Veigel:

 "Single molecule mechanics of myosin motors"                 ()

Literatur:
1. Lights action: optical tweezers, Justin Molloy and Miles Padgett; Contemporary Physics 43, 241-258 (2002)
2. Movement and force produced by a single myosin head, Molloy et al; Nature 378, 209-212 (1995)
3. Load-dependent kinetics of force production by smooth muscle myosin measured with optical tweezers, Veigel et al; Nature Cell Biology 5, 980-986 (2003)

 "Processive movement of single motor proteins"               ()

Literatur:
1.Lights action: optical tweezers; Justin Molloy and Miles Padgett; Contemporary Physics 43, 241-258 (2002)
2. Force and velocity measured for single kinesin molecules; Karel Svoboda and Steve Block; Cell 77, 773-784 (1994)
3. Mechanics of the kinesin step; Nicolas Carter and Robert Cross; Nature 435, 308-312 (2005)
4. The gaited gate of the molecular motor, myosin-V; Veigel et al; Nature Cell Biology 4, 59-65 (2002)

AG Braun:

"Ligation screening from short RNA"                                                                  ()
"Multiwell-plate implementation of heated rock cracks for early Evolution"    ()
"Self-maintaining RNA ligation using SunY"                                                       ()
"Cyclic phosphorylation from rock-based release and thermal accumulation" ()

Literatur:
1: PNAS 110, 8030-8035 (2013), doi:10.1073/pnas.1303222110
2: Chemical Science 10, 5807 - 5814 (2019), doi:10.1039/C9SC00770A

3: ChemBioChem 15, 879–883 (2014), doi: 10.1002/cbic.201300773
4: Nature Chemistry (2019), doi.org/10.1038/s41557-019-0299-5

 AG Lamb:

"Molecular profiling of lipid droplets in cells"          ()

Literatur:
Ploetz el al. (2020) Advanced Materials https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/adma.201907267
Samuel et al. (2020) Communication Biology https://www.nature.com/articles/s42003-020-1100-4

"Chemical degradation of reticular nanoparticles"  ()

Literatur:

Fuchs et al. (2021) Advanced Materials (accepted)
Lachmanski et al. (2017) Scientific Reports https://www.nature.com/articles/s41598-017-13323-1.

 AG Rädler:

"Biological computing using mRNA" ()

Literatur:
S.Matsuura, H. Ono, SKawasaki et al., "Synthetic RNA-based logic computation in mammalian cells" nature Meth.,9 p4847 (2018)

"Cell migration in confinement" ()

Literatur:

D. B. Brückner, A. Fink, C. Schreiber, P. J. F. Röttgermann, J. O. Rädler, and C. P. Broedersz, “Stochastic nonlinear dynamics of confined cell migration in two-state systems,” NATURE PHYSICS, vol. 19, p. 1592, Mar. 2019.
Brückner et al. : "Learning the dynamics of cell–cell interactions in confined cell migration" PNAS 2021 https://doi.org/10.1073/pnas.2016602118

"Lipid Nanoparticles" ()

Litertur:
F.Sebastiani, M. Y. Arteta, M.Lerche, L.Porcar, et al. : "Apolipoprotein E Binding Drives Structural and Compositional Rearrangement of mRNAContaining Lipid Nanoparticles"
ACS Nano 2021, 15, 6709−6722
M.Y.Artetaa, T.Kjellmana, S.Bartesaghib,et al.: "Successful reprogramming of cellular protein production through mRNA delivered by functionalized lipid nanoparticles" PNAS 2018 www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.1720542115

Zu Fragen oder zur Anmeldung zum Seminar bitte eine Email an martin.benoit@physik.uni-muenchen.de

Verantwortlich für den Inhalt: M.Benoit